Substraat is een 'arme' voedingsbodem van korrels, geschikt voor planten en minder voor onkruid. Het substraat neemt een deel van het regenwater op. Hiervan wordt een belangrijk deel gebruikt voor de begroeiing. De substraatlaag zorgt voor voedingsstoffen en watervoorziening voor de begroeiing. Ook zorgt het voor zuurstof en verankering van de wortels. De opbouw van de substraatlaag bepaalt hoeveel er bemest en water gegeven moet worden. Is de hoeveelheid substraat minder dan kan enkele keren per jaar bijvoeren nodig zijn. Daktuinsubstraat bij Groendak voldoet aan de beoordelingsrichtlijn 'BRL 9341', een certificaat is beschikbaar.